Akademi Swasta Seikyou, dibangun berdasarkan intrik mitos okultisme tradisional, memiliki masa lalu yang kelam—selama 60 tahun, akademi ini dihantui oleh hantu yang dikenal sebagai Yuuko, seorang wanita muda yang meninggal secara misterius di ruang bawah tanah gedung sekolah lama. Tanpa ingatan tentang kehidupan atau kematiannya, Yuuko diam-diam menemukan dan mengepalai Klub Investigasi Paranormal untuk mencari jawaban.
Sebuah pertemuan kebetulan membuat Yuuko bergantung pada mahasiswa baru yang rajin, Teiichi Niiya, yang bisa melihat hantu unik itu. Mereka dengan cepat menjadi dekat, dan dia memutuskan untuk membantunya. Bersama dengan Kirie Kanoe, kerabat Yuuko, dan Momoe Okonogi tahun kedua yang tidak sadarkan diri, mereka mempelajari Tujuh Misteri terkenal dari sekolah bertingkat tersebut.
