Minato Sahashi yang berusia 19 tahun yang sedang berjuang namun cerdas telah gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi untuk kedua kalinya, sehingga dia dianggap tidak berharga oleh orang-orang di sekitarnya. Namun, masa depannya yang tampaknya suram berubah secara dramatis ketika seorang wanita cantik dan supernatural jatuh dari langit dan masuk ke dalam hidupnya. Wanita itu, Musubi, adalah makhluk unik yang dikenal sebagai “Sekirei”, makhluk luar angkasa humanoid dengan kemampuan luar biasa. Alien ini dikenal suka mencium manusia yang membawa gen Ashikabi untuk membangkitkan kekuatan terpendam tambahan jauh di dalam diri mereka.
Menyadari potensi dalam diri pemuda yang tampaknya tidak penting, Musubi mencium Minato yang kebingungan, memulai ikatan di antara mereka berdua. Hal ini menyeretnya ke dunia Sekirei yang berisiko tinggi, di mana ia dan mitra barunya harus bersaing dengan orang lain dalam pertempuran untuk bertahan hidup yang disebut “Rencana Sekirei”. Namun, tanpa sepengetahuan para kontestan, terdapat risiko yang jauh lebih besar dibandingkan dengan apa yang awalnya terjadi pada kompetisi tersebut.
