Pianis klasik introvert dan siswa berprestasi Kaoru Nishimi baru saja tiba di Kyushu untuk tahun pertama sekolah menengahnya. Karena terus-menerus berpindah dari satu tempat ke tempat lain sejak masa kanak-kanaknya, ia meninggalkan semua harapan untuk menyesuaikan diri, mempersiapkan diri untuk tahun yang sepi dan tidak berarti. Begitulah, sampai dia bertemu dengan Sentarou Kawabuchi yang terkenal nakal.
Kecintaan Sentarou yang tak terukur pada musik jazz menginspirasi Kaoru untuk belajar lebih banyak tentang genre tersebut, dan sebagai hasilnya, dia perlahan-lahan mulai keluar dari cangkangnya, dan menjadi teman pertamanya. Kaoru mulai bermain piano di sesi jazz sepulang sekolah, yang terletak di ruang bawah tanah toko kaset milik keluarga sesama siswa Ritsuko Mukae. Saat ia menemukan kegembiraan luar biasa dalam menggunakan bakat musiknya untuk memberikan kesenangan bagi dirinya sendiri dan orang lain, musim panas Kaoru mungkin akan semakin meningkat menjadi musim panas yang akan ia ingat selamanya.
Sakamichi no Apollon adalah kisah persahabatan, musik, dan cinta yang mengharukan yang mengikuti tiga individu unik yang disatukan oleh apresiasi mereka terhadap musik jazz.
