Pada hari yang tenang dan damai, langit terbelah dan makhluk ekstradimensi, yang disebut sebagai Yang Tidak Diketahui, melancarkan serangan cepat dan brutal terhadap umat manusia. Untuk melindungi masa depan negaranya, semua anak-anak Jepang dibekukan secara kriogenik hingga perang berakhir agar mereka terhindar dari bahaya.
Beberapa tahun berlalu, dan umat manusia telah membangun pijakan di sudut Jepang, yang kini menjadi garis depan perang. Tidak lagi menghadapi kepunahan umat manusia, anak-anak terbangun dari tidurnya. Kemudian diketahui bahwa, saat berada dalam kriogenesis, anak-anak telah mengembangkan Dunia, kekuatan supernatural yang unik untuk setiap orang. Enam anak paling berkuasa diberi komando atas kota-kota yang direklamasi, menggunakan kekuatan mereka untuk mempertahankan benteng dari invasi yang terus berlanjut. Teman masa kecil Ichiya Suzaku dan Canaria Utara memimpin Tokyo, saudara kandung Kasumi dan Asuha Chigusa mengelola Chiba, dan Maihime Tenkawa dan Hotaru Rindou mengawasi Kanagawa.
Seiring berjalannya waktu, serangan yang hampir rutin dilakukan oleh Unknown dan bentrokan kepribadian para kepala kota dan subjudul menumbuhkan persaingan kecil-kecilan, yang menyebabkan pertengkaran terus-menerus antara ketiga kota tersebut. Ketika Unknown tiba-tiba meningkatkan tekanan serangan mereka, para pemimpin ketiga kota harus belajar bagaimana bekerja sama atau mengambil risiko kehilangan garis pertahanan terakhir melawan kepunahan umat manusia.
