Setiap hari, Aya Asagiri berpikir untuk bunuh diri. Dia diintimidasi tanpa henti di sekolah, dan di rumah, kakak laki-lakinya Kaname secara fisik menganiaya dia untuk menghilangkan tekanan akademis yang diberikan oleh ayah mereka.
Suatu malam, saat dia terbangun dan mengharapkan kematian, sebuah situs misterius bernama Magical Girl Site muncul di laptopnya, menjanjikan untuk memberikan kekuatan magisnya. Pada awalnya, dia menganggapnya sebagai lelucon yang menyeramkan, tetapi ketika dia menemukan senjata ajaib di loker sepatunya keesokan harinya, dia tidak tahu harus percaya apa. Memutuskan untuk membawanya, dia segera bertemu dengan para pengganggunya sekali lagi. Tapi kali ini, karena putus asa untuk menyelamatkannya, dia menggunakan pistol—dan para penyerangnya diangkut ke perlintasan kereta api terdekat, di mana mereka ditabrak.
Hati nurani Aya tidak mampu menerima kenyataan bahwa dia membunuh dua teman sekelasnya dengan sihir, dan dia mati-matian berusaha memahami situasinya. Namun, ketika dia menemukan dirinya dalam masalah lagi, dia diselamatkan oleh Tsuyuno Yatsumura, teman sekelasnya yang bisa menggunakan sihir untuk menghentikan waktu. Banyak hal yang harus dilakukan duo ini: mereka tidak hanya harus bertarung bersama dan melawan gadis penyihir lainnya, tetapi mereka juga perlu mengungkap kebenaran di balik situs web dan peristiwa apokaliptik yang dikenal sebagai “The Tempest” yang akan segera terjadi.
