“The Shepherd,” legenda urban Akademi Shiomi, dikatakan muncul di hadapan siswa pekerja keras untuk mengabulkan permintaan mereka.
Saat asyik dengan buku di dalam Perpustakaan Besar sekolah yang terkenal, Kyoutarou Kakei, siswa tahun kedua dan presiden de facto Klub Perpustakaan, menerima email dari Shepherd yang meramalkan suatu peristiwa yang akan mengubah nasibnya. Khawatir dengan pesan tersebut, Kyoutarou bergegas ke stasiun kereta terdekat dan bertemu dengan sesama siswa Tsugumi Shirasaki, yang dia selamatkan dari tertabrak kereta yang tergelincir. Bersyukur atas tindakan heroiknya, Tsugumi bergabung dengan Klub Perpustakaan dan mengundang Kyoutarou untuk berpartisipasi dalam “Proyek Bahagia Shiomi” yang misterius. Bersama dengan anggota baru klub lainnya, mereka berusaha membuat akademi menjadi tempat yang lebih baik dan mengungkap identitas Shepherd yang penuh teka-teki.
