Ketika tragedi akan terjadi, Satoru Fujinuma mendapati dirinya dikirim kembali beberapa menit sebelum kecelakaan itu terjadi. Seniman manga berusia 29 tahun yang tidak terikat ini telah memanfaatkan fenomena kuat namun misterius ini, yang ia sebut “Kebangkitan”, untuk menyelamatkan banyak nyawa.
Namun, ketika dia dituduh membunuh seseorang yang dekat dengannya, Satoru dikirim kembali ke masa lalu sekali lagi, tapi kali ini ke tahun 1988, 18 tahun yang lalu. Segera, dia menyadari bahwa pembunuhan itu mungkin ada hubungannya dengan penculikan dan pembunuhan salah satu teman sekelasnya, Kayo Hinazuki yang penyendiri dan misterius, yang terjadi ketika dia masih kecil. Ini adalah kesempatannya untuk memperbaiki keadaan.
Boku dake ga Inai Machi mengikuti misi Satoru untuk mengungkap apa yang sebenarnya terjadi 18 tahun lalu dan mencegah kematian teman sekelasnya sekaligus melindungi orang-orang yang ia sayangi di masa sekarang.
