Pada tahun 2035, sebuah insiden yang dikenal sebagai “The Burst” terjadi di fasilitas penelitian Jepang, melahirkan “Materi” yang berkembang pesat, memakan, dan mereplikasi diri. Berliku-liku melewati sisa-sisa bendungan dan fasilitas militer di Ngarai Kurobe, Matter yang bermusuhan dikepung oleh gugus tugas yang berusaha mencegahnya mencapai lautan dan tentara bayaran yang mencari kebenaran di balik keberadaannya.
Aiko Tachibana hidup di bawah pengawasan medis terus-menerus setelah diselamatkan dari Masalah. Dia menghabiskan hari-harinya menunggu kesembuhannya dengan membuat pesawat kertas. Tak lama kemudian, kehidupan sehari-harinya di sekolah terganggu oleh kedatangan siswa pindahan Yuuya Kanzaki, yang menunjukkan sejumlah ketidakkonsistenan mengenai tubuhnya. Mengapa dia tidak pernah terluka, dan mengapa dia tiba-tiba tidak membutuhkan kursi roda lagi? Dia mengklaim bahwa ada lebih banyak hal dalam keberadaannya daripada yang diyakininya, dan bahwa dia sendirilah yang memegang kunci untuk mengakhiri The Burst.
Dengan banyaknya faksi yang sekarang tertarik pada Aiko, dia dan Yuuya harus mengumpulkan sekutu dan memulai ziarah berbahaya ke jantung jurang yang dipenuhi sebelum jaring menutup di sekitar mereka. Untuk menghindari konspirasi yang melawan mereka, pasangan ini harus menghadapi Materi—musuh yang mengalir seperti air.
