Di bawah kepercayaan bahwa dewa mahakuasa Mitama akan datang untuk menyelamatkannya, Yukito Urabe berpartisipasi dalam sebuah ritual untuk menjadi pemimpin baru sekte ayahnya. Namun, ketika bocah itu tenggelam selama ritual tersebut, ia ingin terlahir kembali di dunia tanpa dewa atau agama.
Bangkit kembali di dunia yang sama sekali berbeda tanpa spiritualitas. Ia bertemu dengan seorang gadis menyimpang bernama Aruaru, yang memperkenalkannya pada desanya. Namun, gambaran indahnya tentang masyarakat dunia ini berumur pendek ketika ia menyaksikan bunuh diri kelompok publik dan mengetahui sistem akhir kehidupan negara itu: setiap saat, pemerintah dapat memerintahkan warga negara mana pun untuk mati.
Aruaru dan saudara perempuannya dibawa secara paksa untuk dieksekusi segera setelah itu, mendorong Yukito untuk bergegas menyelamatkan mereka—tetapi tidak berhasil. Di saat putus asa, Yukito mengingat ajaran ayahnya dan mengucapkan doa agar Mitama menyelamatkan mereka. Seolah menjawab panggilannya, seorang gadis kecil turun dari langit dan memusnahkan semua orang yang menyakiti Yukito dan teman-temannya. Yang mengejutkan Yukito, gadis itu memperkenalkan dirinya sebagai Mitama.
