Yoichi Isagi hampir saja mencetak gol yang akan membawa tim sepak bola sekolah menengahnya ke kejuaraan nasional, tetapi keputusannya yang tiba-tiba untuk mengoper bola kepada rekan setimnya membuatnya kehilangan kenyataan itu. Merasa getir, bingung, dan kecewa, Isagi bertanya-tanya apakah hasilnya akan berbeda jika dia tidak melakukan operan itu. Ketika penyerang muda itu kembali ke rumah, undangan dari Persatuan Sepak Bola Jepang sudah menunggunya. Melalui proses pengambilan keputusan yang sewenang-wenang dan bias, Isagi menjadi salah satu dari tiga ratus penyerang U-18 yang dipilih untuk proyek kontroversial bernama Blue Lock.
Tujuan utama proyek ini adalah mengubah salah satu pemain terpilih menjadi penyerang bintang bagi tim nasional Jepang. Untuk menemukan peserta terbaik, setiap pemain harus bersaing dengan pemain lain melalui serangkaian kompetisi solo dan tim untuk mencapai puncak. Mengesampingkan keberatan etisnya terhadap proyek tersebut, Isagi merasa terdorong untuk berjuang menuju puncak, bahkan jika itu berarti menghancurkan impian 299 penyerang muda yang bercita-cita tinggi.
